Consiliul naţional este format din 16 membri, câte doi membri din fiecare regiune de dezvoltare, astfel cum sunt definite în legea privind dezvoltarea regională în România.

Consiliul naţional are următoarele atribuţii:

• analizează situaţiile financiare ale Colegiului Fizioterapeuţilor din România;
• întocmeşte proiectul bugetului de venituri şi cheltuieli, pe baza bugetelor teritoriale şi bilanţul contabil al Colegiului Fizioterapeuţilor din România, pe care le supune aprobării Adunării generale naţionale;
• întocmeşte raportul financiar anual al Colegiului Fizioterapeuţilor din România, pe care îl supune aprobării Adunării generale naţionale;
• elaborează raportul anual de activitate al Colegiului Fizioterapeuţilor din România în vederea prezentării în cadrul şedinţei Adunării generale naţionale;
• prezintă Adunării generale naţionale execuţia bugetului de venituri şi cheltuieli;
• coordonează elaborarea proiectului de strategie sau de modificare a acesteia;
• elaborează Codul deontologic al fizioterapeutului, pe care îl supune aprobării Adunării generale naţionale;
• elaborează propuneri de modificare a statutului şi a Regulamentului intern de organizare şi funcţionare, pe care le supune aprobării Adunării generale naţionale;
• urmăreşte punerea în aplicare a hotărârilor adoptate de Adunarea generală naţională;
• alege preşedintele Colegiului Fizioterapeuţilor din România;
• convocă Adunarea generală naţională şi în mod excepţional Adunarea generală teritorială;
• soluţionează contestaţiile împotriva deciziilor organelor ierarhic inferioare;
• aprobă suspendarea din funcţie, la cerere, a oricărui membru cu funcţie de conducere din cadrul Colegiului Fizioterapeuţilor din România, pe o durată de cel mult 1 an;
• aplică sancţiunea retragerii calităţii de membru al Colegiului Fizioterapeuţilor din România, fizioterapeuţilor care au fost sancţionaţi disciplinar;
• decide declanşarea anchetei disciplinare împotriva membrilor organelor de conducere de la nivelul colegiilor teritoriale;
• decide cu privire la actele juridice ce urmează să fie încheiate în numele şi pe seama Colegiului Fizioterapeuţilor din România;
• aprobă angajarea şi efectuarea de cheltuieli necesare desfăşurării activităţii Colegiului naţional;
• stabileşte structura organizatorică a colegiului naţional şi aprobă angajarea de personal de specialitate şi administrativ;
• aprobă desemnarea nominală a şefilor de departamente/ compartimente/ comisii;
• propune Adunării generale naţionale înfiinţarea, desfiinţarea sau reorganizarea colegiilor teritoriale sau a unor organe consultative ale Colegiului Fizioterapeuţilor din România, de la nivel naţional;
• aprobă contractul colectiv de muncă şi regulamentul intern, întocmite conform prevederilor Codului muncii;
• aprobă afilierea Colegiului Fizioterapeuţilor din România la organizaţii profesioanle internaţionale;
• acordă calitatea de membru de onoare a Colegiului Fizioterapeuţilor din România;
• răspunde de buna administrare a patrimoniului Colegiului Fizioterapeuţilor din România;
• verifică activitatea colegiilor teritoriale;
• stabileşte valoarea cotizaţiei şi condiţiile în care se plăteşte precum şi alte taxe;
• decide cotele în care se împart veniturile Colegiului Fizioterapeuţilor din România între bugetul central al colegiului naţional şi bugetele colegiilor teritoriale;
• stabileste limita valorică de competenţă în angajarea de cheltuieli pentru organele de conducere ale Colegiului Fizioterapeuţilor din România;
• stabileşte modul de asigurare a comunicarii interne în cadrul Colegiului Fizioterapeuţilor din România, între organele acestuia, precum şi între organe şi membrii organizaţiei;
• aprobă Programul naţional de educaţie medicală continuă şi stabileşte numărul minim de credite care trebuie cumulat anual de către membrii Colegiului Fizioterapeuţilor din România;
• stabileşte valoarea riscului asigurat în cadrul asigurărilor de răspundere civilă pentru membrii Colegiului Fizioterapeuţilor din România;
• elaborează metodologia de reatestare a competenţei profesionale a membrilor Colegiului Fizioterapeuţilor din România;
• elaborează criteriile şi standardele de dotare a cabinetelor de practică independentă;
• decide acceptarea donaţiilor, stabilind limitele în care se poate face această acceptare;
• aprobă încheierea de acte juridice privind achiziţia de imobile şi mijloace fixe;
• reglementează constituirea şi funcţionarea Consiliului profesional ca organ propriu al colegiului naţional, autonom faţă de organele de lege conducere ale Colegiului Fizioterapeuţilor din România;
• reglementează constituirea şi funcţionarea Consiliului academic ca organ propriu al colegiului naţional, autonom faţă de organele de conducere ale Colegiului Fizioterapeuţilor din România;
• îndeplineşte orice alte atribuţii stabilite în competenţa sa de către Adunarea generală naţională sau prin Regulamentului intern de organizare şi funcţionare.